微生物肥料中有益微生物能产生糖类物质，与植物粘液、矿物胚体和有机胶体结合在一起，可以改善土壤团粒结构，有效打破土壤板结，促进团粒结构的形成，并能改善土壤的通气状况，促进有机质、腐殖酸和腐殖质的生成。

　　二是“养分转换师”。

　　微生物在土壤中物质和能量的输入输出中扮演着非常重要的角色，是物质循环链上的重要环节。它能够活化土壤有机与无机养分，分解有机物，释放养分，增加养分的有效性。

　　三是土壤的“清洁师”。

　　微生物在其繁殖和代谢过程中，可以降解土壤中残留的化肥、有机农药、重金属和其他污染物等，在其理化反应中对上述污染物质进行分解、转化、固定、转移以及新的无害化合成，把他们分解成低害甚至无害的物质，从而降低土壤污染的程度。

　　四是土壤的“治疗师”。

　　土壤中的微生物，例如抗生性微生物，它们能够分泌抗生素，抑制病原微生物的繁殖，这样就可以防治和减少土壤中土传病害微生物对作物的危害，提高作物产量和品质。对土壤进行“解毒”和“保健”，调控和维护土壤的健康质量。

　　五是土壤的“营养师”。

　　微生物肥料具有解磷、解钾、固氮的作用，促进土壤中微量元素的释放及螯合，可提高肥料利用率10％～30％。在一定的条件下，还能参与腐殖质形成，有利于提高土壤肥力。

　　“微生物肥料有四大功能：肥料所含的有机质营养丰富；有益菌有制造营养的能力；有益菌代谢产物具有促生作用，而且可以防控病害、虫害。微生物肥施入土壤，提高肥料利用率，让作物健康成长，病虫害大大减少。

　　我们向土壤投入生物肥的目的就是为了增加土壤有益微生物，那么这些不平常的微生物在土壤中究竟做了些什么呢？

　　首先，土壤微生物可以形成土壤结构。土壤并不是单纯的土壤颗粒和化肥的简单结合，作为土壤的活跃组成部分, 土壤微生物在自己的生活过程中，通过代谢活动的氧气和二氧化碳的交换，以及分泌的有机酸等使得土壤粒子形成大的团粒结构，最终形成真正意义上的土壤。土壤微生物的区系组成、生物量及其生命活动对土壤的形成和发育有密切关系。

　　其次，土壤微生物最显著的成效就是分解有机质， 比如作物的残根败叶和施入土壤中的有机肥料等，这些物质只有经过土壤微生物的作用，才能腐烂分解，释放出营养元素，供作物利用，并形成腐殖质，改善土壤的结构和耕性。

　　然后，土壤微生物还可以分解矿物质，土壤微生物的代谢产物能促进土壤中难溶性物质的溶解。例如磷细菌能分解出磷矿石中的磷，钾细菌能分解出钾矿石中的钾，以利于作物吸收利用，提高土壤肥力。另外，尿素的分解利用也离不开土壤微生物。这些土壤微生物就好比土壤中的肥料加工厂，将土壤中的矿质肥料加工成作物可以吸收利用的形态。

　　另外，土壤微生物还有固氮作用。氮气占空气组成的4/5，但植物不能直接利用，某些微生物可借助其固氮作用将空气中的氮气转化为植物能够利用的固定态氮化物，有了这样的土壤微生物，就相当于土壤有了自己的氮肥生产车间了。

　　在植物根系周围生活的土壤微生物还可以调节植物生长，植物共生的微生物如根瘤菌、菌根和真菌等能为植物直接提供氮素、磷素和其他矿质元素的营养以及有机酸、氨基酸、维生素、生长素等各种有机营养，促进植物的生长。土壤微生物与植物根部营养有密切关系。所以，微生物是极为有用的，它们在土壤的形成，自然界中的物质转化，以及对动植物的生长都有着巨大的作用。