土壤有机质在所有土壤生态系统中起着重要作用。任何系统都在其组成要素相互作用下形成循环，要么是良性循环，要么是恶性循环。但是，各种因素在系统中的作用并不相同，总有一个因素是主要因素，决定着系统的循环方向是正向还是负向。在土壤生态系统中，有机质是主要的决定因素。它一方面促进植物生长，另一方面又带动动植物遗体和一切有机废弃物回归土壤，不断补充土壤生物的存量。只要这个循环系统顺畅，土壤生态系统就会一直良性循环。如果化肥被用来替代土壤的有机质，成为土壤系统的主导因素，那么土壤良性循环的生态系统就会崩溃，进而导致恶性循环。在土壤肥力方面，有机质也是一个决定性因素。土壤肥力虽然包括不同类型土壤所含的天然矿质养分，但如果没有足够的有机质，这些养分就不能被植物充分分解、活化和利用。土壤有机质的含量决定了土壤肥力的高低。本文提到的土壤肥力、土壤质量、肥沃土壤(称为肥沃土壤)和健康土壤等概念基本同义，是问题的不同方面，其本质是由土壤有机质含量决定的。有机质肥沃的土壤也是高肥力土壤、优质土壤、健康土壤。