在基质育苗和基质栽培过程中，常常可以看到基质表面生长的藻类。这种藻类主要由蓝绿色和绿色青苔状生物组成。藻类既可以生长在泥炭-珍珠岩基质、泥炭-树皮基质、泥炭-木纤维基质，甚至在椰壳基质上也可以生长。在自然界中，花园土壤、岩石、水泥和其他有水、阳光和营养的硬表面上都可以发现藻类生长的足迹。只要在潮湿的基质表面就会生长藻类，而不管基质中的成分是什么。那么，藻类从哪里来，如何控制它？
藻类生长需要水、光和营养，而温室中的基质栽培环境具备潮湿、光和营养条件，尤其在喷雾或低温条件下更会为藻类生长创造有利条件。
1藻类从哪里来？
藻类的细胞和孢子随处可见。其中灌溉水是藻类最常见的来源，如果灌溉水来自池塘或浅水井，水管内壁上也会有大量藻类生物膜堆积，所以这类水源中就会含有大量藻类。在经常潮湿的人行道、墙壁和长椅上也会有藻类生长。此外，温室外土壤灰尘吹进室内落到基质上，也会导致基质被藻类孢子污染，萌生藻类。
2藻类的危害
藻类本身对植物无害，但藻类存在会减缓基质气体交换，抑制根系氧气吸收，延迟根部生长。藻类还会吸引真菌蚋和岸蝇，这些昆虫以基质中藻类和其他真菌为食，进出入侵染植物根部，并通过其口部传播植物病原体。
藻类生长会使人行道湿滑，危害行人安全。持续潮湿的温室玻璃也会有藻类生长，抑制光纤进入，影响了作物的正常生长。
3藻类在基质表面生长
藻类生长初期的基质表面开始轻微变绿。随着时间推移，绿色藻类层不断增长，变得越来越厚，最终呈现出黑色。藻类生长让人错以为基质表面很湿润，从而暂停灌溉，但实际下面基质已经缺水。缺水让基质表层藻类层变干，边缘卷起形成不透水结皮，进一步阻碍了灌溉水的进入。如果不想让基质缺水，就必须打碎藻类结皮。
4通过水源管理控制基质藻类生长
要控制基质表面或温室其他区域藻类生长，首先要检查水源。
如果是水管里有藻类，就需要采用硫酸铜等化学药品处理。来自池塘或浅井的水如果含有大量藻类，还需要将水过滤，然后再用于灌溉。
如果水源是干净的，也要知道藻类可以从任何地方进来，还是要采取简单栽培手段控制藻类生长。
5通过调节光照和肥料控制基质藻类生长
在藻类控制过程中，不应控制光照和肥料，因为控制光照和肥料可能对植物生长产生负面影响。但在种植操作过程中，可以限制水量来减少藻类生长。尽量采用潮汐灌溉或滴灌，减少喷洒灌溉，减少温湿空气湿度。藻类生长需要潮湿条件，两次灌溉之间要让基质表面干燥，不要频繁灌溉。以泥炭为原料基质的表面应变成浅棕色到棕褐色，再开始下次灌溉，因为基质干燥到这个程度才达到不利于藻类生长条件。
6通过加强空气流动控制藻类生长
增加温室内的空气流动，以促进基质表面更快干燥。提高温室空气温度也会取得同样效果。
