保护地由于长期连作种植，造成病菌、虫卵积聚；过多施用生理酸性肥料、过量施用氮肥，同时有机肥施用又偏少，土壤缓冲性差，因而使土壤酸化，严重时作物会出现死苗，生长点坏死等现象；施肥种类单一、过量，造成土壤盐分上升，盐害加重。因此，保护地土壤的酸化、盐化等各方面改良问题尤为重要。图片保护地土壤应选择土层厚度在50-70厘米，有机质含量2.5-3.5%，全氮0.1-0.15%，全磷0.1-0.25%，质地疏松，耕性好的壤土，其空隙度较大，透气性好，土壤溶液呈中性或偏酸性，具有较强的缓冲能力，施肥后不易出现肥害，施肥不及时也不会出现肥害及脱肥现象。
一、土壤酸化
连作保护地由于长期施用生理酸性肥料，过量施用氮肥，使硝态氮大量积聚，同时农家肥施用量又偏少，土壤缓冲性差，因而使土壤酸化，严重时作物会出现死苗，生长点坏死等现象。
二、土壤盐渍化
保护地全年土温较高，加之较高的湿度，土壤微生物活动旺盛，加速了土壤养分转化和有机物质的分解速度，同时由于常年不合理的过量施肥，又缺少雨水淋溶，使残留在土壤中的各种肥料盐分随浇灌水向耕层积聚，形成次生盐渍化。
据测定当土壤盐份浓度达0.3%-0.5%时，因高于植物细胞溶液浓度，作物吸水困难，易发生凋萎，当土壤当中的碱解氮、有效磷、速效钾，超过盐害临界浓度时，作物易发生盐分毒害，影响植株根系吸水吸肥甚至生长，发生整体萎蔫死苗。
三、二氧化氮和氨过剩中毒
农民在保护地施肥时往往偏施氮肥，以为氮肥见效快，易增产，但却忽略了氮肥过多的情况下，铵态氮易转化为亚硝酸二氧化氮气化，当二氧化氮浓度达到2×10-6时，就会毒害蔬菜叶片，叶背产生白斑和黄色小斑点等肥害状，同时植株内游离氨过多，植物免疫力会大幅下降，蔓枯病、炭疽病、霜霉病、病毒病等病虫害易严重发生。
四、土壤养分失衡
土壤养分失衡造成生理缺素障害，在连作情况下，连续大量施用相同或相似的肥料，而特定作物对养分的吸收具有一定的选择性，这样会使某些元素过度缺乏，而某些元素又过多剩余积累，造成土壤养分不均衡。
土壤养分失衡具体原因如下：
1、化肥多，农家肥少，影响蔬菜的自然品质。
2、氮肥过多，钾肥缺乏，会降低氮肥利用率，增加肥害。
3、大量元素肥料多，往往会降低中、微量元素肥料的有效性，如氮磷过多就会降低钙、硼、锌等养分的有效性，连作保护地易发生缺钙引起的大白菜干烧心，番茄、甜椒脐腐病等，缺硼引起萝卜、芹菜茎裂病，叶片扭曲变厚变脆等症状。
五、土壤微生物群体异化，产生一些生物毒性物质
同种作物根系分泌物相同，导致某些土壤微生物大量繁衍，某些土壤微生物被抑制，这样微生物群体就会异化，从而不利于土壤的熟化和肥料营养的分解转化，易造成土壤性能恶化。另外，连作土壤中微生物群体发生变化可使病残体逐年积累，土壤病原真菌数量迅速增加，拮抗性细菌和放线菌受到抑制，会造成枯萎病，青枯病和根结线虫等土传病害的严重发生。
