1、诱发病菌虫害

　　农家粪肥中含有大量的病菌害虫（如根结线虫、大肠杆菌等），如果粪肥未经彻底发酵腐熟直接使用，粪肥就会把病菌、虫卵、害虫等直接带入到田间土壤中，从而诱发作物发生更加严重的病虫害。

　　2、造成作物烧苗或烧根

　　因为未经彻底腐熟发酵的农家粪肥使用到土壤中后，在条件适宜的情况下还会继续发酵腐熟，并且在发酵腐熟的过程中释放出大量的热量，如果农家粪肥使用的位置距离作物的苗、根过近，农家粪肥发酵腐熟过程中集中大量释放的热量就会灼伤作物的幼苗或根系，轻则影响作物正常生长，重则会导致作物出现根系腐烂或苗株死亡。

　　3、导致作物发生毒气中毒现象

　　未经彻底发酵腐熟的农家粪肥（特别是生粪），在土壤继续腐熟的过程中会不断的分解并产生诸多有害气体，轻则导致作物生长受抑，重则导致作物烧根、黄叶甚至死棵。

　　4、诱发作物生长过程中缺氧

　　施入到土壤中的生粪或者发酵腐熟不彻底的粪肥，在田地土壤中继续发酵腐熟的过程中会大量消耗土壤土壤中的氧气，不仅会导致土壤中的氧气含量大量减少，还会与作物根系争夺养分和氧气，严重时会使土壤短时内处于缺氧状态、使作物短期处于窒息的状态，从而对作物的正常生长造成十分不利的影响。

　　5、加重土壤的酸化危害

　　一般来说，农家粪肥大多为PH值在3.6-4.7之间的强酸性肥料，虽然农家粪肥养分全面均衡、肥效稳定持久，但使用时如果不结合土壤的酸碱性情况而盲目使用到酸性土壤中上，就会进一步加剧土壤的酸化问题，从而对作物根系的生长发育、作物苗株的正常生长产生巨大危害。

　　6、造成土壤中重金属、盐分含量等超标

　　现在不少家畜、家禽大多采用集约化的养殖，在禽畜饲养过程中使用的饲料中往往添加有大量各种各样的添加剂等，而这些饲料添加剂中有大多含有较多重金属或抗生素，禽畜动物食用后排除的粪便中会含有较多的重金属；如果未经处理，不仅会导致土壤中重金属大量积累残留，而且土壤中重金属含量越高、作物根系与苗株生长受抑情况就越严重，除此之外，土壤中重金属含量超标还会导致作物吸收重金属过量，进而造成农产品中重金属含量超标，不仅会降低农产品的品质，同时对食品安全也有重大威胁。

　　此外，大部分农家粪肥中含量较多的氯化钠，而土壤中氯化钠的含量过高会抑制作物的生产生长，如果长期盲目的过量使用农家禽畜粪肥势必会造成土壤作物盐分含量浓度升高、土壤盐化程度加剧等问题，更严重时会导致土壤中的农作物种子播种后不发芽、移栽定植后的农作物幼苗生长迟缓或不生长。